Bienvenido, Sagagal.
Si las motitas aparecen con el objetivo quitado, lo más probable es que estén sobre el espejo, en la pantalla de enfoque o incluso, en alguna cara del pentaprisma (esot parece menos probable puesto que dices que al principio no estaban).
De ser así, soplando en la caja del espejo e incluso pasando un cepillo por él y por la pantalla de enfoque seguramente puedas retirarlas. Ten mucho cuidado de no rayar el espejo.