Hola
Posiblemente hayas activado el recorte automático, debes ponerlo en completo. Me imagino que el software recorta una toma del mosaico... ¿Estás escaneando varias de golpe con un escáner plano o algo así?
En cuanto a la cámara, no te puedo ayudar, pero se que olympus genera jpgs de calidad superior, quizá mejores que en Canon (no podría decirte con respecto a los modelos que mencionas). También olympus tiene un AF muy rápido, pero sólo lo conozco en las M43, así que no se...
Saludos